Subdomains sind für google eigene Domains. Man vererbt daher keine Linkpower wie man so schön sagt. Im Unterverzeichnis ist die beste Lösung. Sprich wenn Links zur Hauptdomain kommen, zählen die nur für die Hauptdomain, nicht aber für die Subdomain und umgekehrt. Daher ist es sinniger im Unterordner zu bleiben wenn du mit dem Blog und Links dahin den Shop stärken willst.